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根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。注意：不包括税务机关、司法机关等查补或者责令补扣的税款。

根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）规定，“三代”税款手续费按年据实清算。代扣、代收扣缴义务人和代征人应于每年3月30日前，向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料。2023年1月1日-3月30日（不是3月31日）财务人员可通过自然人电子税务局（扣缴端）或自然人电子税务局（WEB端）“退付手续费核对”模块申请办理2022年度个人所得税扣缴手续费。注意：为确保您的合法权益，请务必在规定的时间内向税务机关提交退付申请。因扣缴义务人自身原因，未及时提交申请的，视为自动放弃。

自然人电子税务局扣缴端或WEB端，办税服务厅。注意：企业经办人员经法定代表人或财务负责人在APP端或者WEB端授权后，即可在WEB端扣缴功能操作手续费退付申请。

根据《国家税务总局关于发布〈个人所得税扣缴申报管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2018年第61号）以及《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）相关规定对于企业取得代扣代缴个人所得税手续费返还，从用途上可以有两种方式：一是用于提升办税能力、奖励办税人员，二是“三代”单位所取得的手续费收入应单独核算，计入本单位收入，用于与“三代”业务直接相关的办公设备、人员成本、信息化建设、耗材、交通费等管理支出。

根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）规定，税务机关对单位和个人未按照法律、行政法规或者委托代征协议规定履行代扣、代收、代征义务的，不得支付“三代”税款手续费。因此，扣缴义务人未按照规定代扣代缴个人所得税，在税务机关的检查环节补缴的个人所得税不能计入“三代”手续费的基数。